Niedojrzałość organizmu spowodowana przedwczesnym urodzeniem się dziecka dotyczy także i ogólnej odporności organizmu. Wcześniaki są bardziej wrażliwe na zakażenia niż niemowlęta urodzone o czasie, a wytwarzanie przeciwciał po szczepieniach ochronnych jest u nich upośledzone. W związku z tym, terminy szczepień ochronnych wcześniaka są inne niż u dzieci donoszonych. W każdym przypadku dziecko jest kwalifikowane do szczepienia przez lekarza poradni D indywidualnie, po uwzględnieniu stopnia zaawansowania rozwoju. Kierować się jednak można przy tym pewnym uogólnieniem. Poszczególne szczepienia ochronne u wcześniaka są o tyle opóźnione w porównaniu z tzw. kalendarzem szczepień dzieci donoszonych, o ile skrócony był okres trwania ciąży.